ЦНИИ Гастроэнтерологии основан на базе научно-исследовательского института, который состоял из трех частей. Под руководством А.С. Логинова организация являлась крупнейшим медицинским центром страны, каковой остается и по сей день.
За годы здесь были разработаны уникальные методики лечения заболевания, диагностики и профилактики болезни желудочно-кишечного тракта. Также, институт ведет подготовку и обучение специалистов на кафедре гастроэнтерологии.