Церковь Рождества Христова была построена в 17 веке на берегу Волги. Ранее, на этом месте стояла деревянная Христорождественская церковь, где ярославцы сохранили чудотворную икону Казанской Божией Матери. Церковь является второй каменной постройкой такого класса в Ярославле. Строительство было начато ярославскими купцами, участниками ополчения. План постройки был грандиозным и у купцов, ведущих строительство, не хватило средств на окончание строительства, поэтому оно было завершено лишь в 1644 году. Ансамбль церкви Рождества Христова, состоящий из самой церкви и колокольни получился уникальным. Достаточно долгое время храм стоял не расписанным и только в 1683 году были выполнены фрески центральной части здания. Все остальные росписи храма появились гораздо позже. Интересен тот факт, что купцы, занимающиеся строительством храма решили вывести свои имена на фасаде здания. Обычно такой привилегией обладали только князья и бояре.
Колокольня, находящаяся на территории церкви, является сложным многофункциональным строением, которое включает в себя саму колокольню, двойные ворота, башню с часами и маленькие церквушки «под колокола».
В советское время храм закрыли, но в 1920 году он был отреставрирован. В 1989 году произошла другая напасть — храм был ограблен, а уникальные иконы были вывезены за границу. Спустя некоторое время саратовский коллекционер купил их и отдал музею с тем, чтобы их отреставрировали и вернули церкви.
Денежных средств у музея долго не хватало на поддержание уникального памятника. В конце 1990-х стены колокольни начали рушиться и только под угрозой полнейшего обрушения удалось найти средства на реставрацию памятника. В настоящее время колокольня и сам храм приведены в порядок. В храме иногда проводятся службы.