В городе нет своего аэропорта. Ближайший к Выборгу действующий гражданский аэропорт находится в Санкт-Петербурге.
Аэропорт «Пулково» является лидером по пассажиропотоку среди аэропортов России. Сейчас проходит реконструкция терминалов, в ходе которой он станет одним из крупнейших аэропортов Восточной Европы. Аэрокомплекс состоит из двух терминалов - «Пулково-1» и «Пулково-2». Первый терминал обслуживает внутренние и некоторые международные, а также чартерные рейсы. «Пулково-2» принимает только международные рейсы.
Терминал «Пулково-1», функционирующий сегодня, был построен в 1973 году. Проектом руководил архитектор А.Жук, который спроектировал необычную конструкцию аэровокзала, называемую в народе «пять стаканов сверху», «пароход» или «кастрюли». Терминал разделен на три уровня, каждый из которых отличается от других по направлению и типу полетов. «Пулково-1» обслуживает внутренние рейсы, кроме того организованы рейсы в страны СНГ и чартерные рейсы в страны дальнего зарубежья.