Основателем «Мастерской» считается народный артист России, лауреат государственной премии РФ считается Петр Наумович Фоменко. Начиналось все с небольшой студенческой группы, набранной им на режиссерском факультете ГИТИСа в 1988 году. Спектакли, выпущенные группой в эти годы, становились неоднократными призерами театральных фестивалей. Позже в 1993 была образована «Мастерская П. Н. Фоменко». А основной творческий состав молодого театра представляли выпускники «мастерской Фоменко». В настоящее время театральная труппа это уже третье поколение «фоменок».
Таким образом в июле 1993 был образован молодой театр, соединяющий в себе элементы экспериментального театра с традиционным русским репертуаром. Благодаря труппе «Мастерской» происходит освоение новых пространств, новой стилистики и осуществление идей других режиссеров. Совершенствование актеров также остается одной из задач театра. Делается все, чтобы актеры не зачерствели душой, не влились в рутину, постоянно учились, развивались профессионально и никогда не останавливались на достигнутом.
Поначалу театр не имел собственного помещения. Данная ситуация у театра была вплоть до 1997 года, когда постановлением Правительства Москвы театру выделили в хозяйственное ведение здание ранее принадлежащее кинотеатру «Киев». Но это маленькое помещение не соответствовало требованиям театра для реализации собственных творческих планов, поэтому в дальнейшем постановлением Правительства Москвы было принято решение о построении помещения, отвечающего всем техническим требованиям. И уже в 2008 году театр отмечал свое пятнадцатилетие в новом помещении.
За все время своего существования театр поставил 36 спектаклей, принимал участие во всевозможных конкурсах и фестивалях как в России, так и за рубежом.
И согласно своему принципу он не собирается останавливаться на достигнутом.