Храм Святителя Алексия был построен в Рогожской слободе местными жителями с 1748 по 1751 года. Он сменил два ранее здесь существующих храма: кирпичный 1701 года и деревянный 1625 — го.
Известно также, что местоположение храма также связано с преданием о том, что Святой Алексий располагал здесь свою палатку, когда наблюдал за процессом постройки Спасо — Андроникова монастыря. Архитектором проекта здания являлся Ухтомский. Храм построен в стиле «московского барокко». Для него характерна гармоничная простота объемного решения в сочетании с чистотой форм.
В 1929 году церковь была разграблена и разрушена , а позднее и вовсе закрыта. С 1966 года в храме находился завод по обработке сплавов, с 1984 года — ремонтно-строительное управление, потом склад. Русской Православной Церкви храм был передан в начале 90 — х годов XX века. С этого момента и по настоящее время в храме ведутся работы по его восстановлению. В Церкви имеются пределы святого Николая Чудотворца и святого Алексия. Сейчас этот храм является одним из красивейших и легендарных в Москве.