Храм был создан в 1652 — 1656 года при патриархе Никоне. Храм возведен на месте, где ранее с 1568 года располагалась церковь Соловецких Чудотворцев. Первоначальным названием храма было — церковь Филиппа Апостола на Патриаршем дворе Кремля. Изначально храм Двенадцати апостолов планировался как домовой храм московских патриархов. Северная часть церкви примыкает к Патриаршим палатам. С 20 — х годов XVIII века.
С 1721 года храм стал принадлежать Синодальной конторе. Архитектором Зарудным в 1722 году был воздвигнут новый и иконостас. Святынями храма являются: образ Петра и Павла, созданный в XII или XIII веке и переданный папой Римским Петру I в дар образ Николая Чудотворца и Черниговская икона Божией Матери 1658 года. В 17 — е годы XX века время храм был сильно поврежден во время артиллерийских обстрелов. Сильно пострадали Патриаршия ризница, Евангелие XII века и большое Святое Распятие. После этого в 1918 году храм закрыли. В настоящее время весь второй этаж палат и и храма занят музейной экспозицией «Прикладное искусства и быт России XVII века».