Храм преподобного Алексия относится к монастырю, менявшему свое местоположение три раза. XIV век – монастырь стоял на Остоженке, в 1547 — переведена в урочище Чертолье (сейчас улица Волхонка).
В честь рождения цесаревича Алексия в 1633 — 1634 году, небесным покровителем которого является преподобный Алексий, человек Божий, была построена двухшатровая церковь. Позднее строительство двухшатровых церквей было запрещено указом Патриарха Никона.
Все монастырские постройки были разрушены в 1838 году. На этом месте началось строительство храма Христа Спасителя, а монастырь был переведен в Красное Село.
Как и многие обители, существующие в начале XX века, монастырь был закрыт, а храм преподобного Алексия, человека Божьего, был преобразован в дом пионеров.
И лишь в 2000 — ом году церковь передали верующим, а реставрационные и восстановительные работы начались только два года спустя. Основной святыней храма является образ преподобного Алексия, человека Божьего. Частицу мощей, имеющуюся при образе, пожертвовал в 2001 году неизвестный коллекционер.