В фонд музея входят труды Поленова В. Д., Айвазовского И. К., Сурикова В. И., Нестерова М. В., Пастернака Л. О., Фалька Р. Р., также существуют отделы-филиалы, расположенные в: Музее истории «Лефортова», Музее археологии Москвы, Музее русской усадебной культуры, Музее русской гармоники А. Мирека,, Музее Храма Христа Спасителя. Музей истории Москвы - это величайший объект культуры, в котором хранится вся история Российского государства с древнейших веков по сегодняшний день. В планах провести полную реконструкцию здания и дополнительных отделов, обновить возможности, в связи с достижениями музейной техники, внедрить самые последние разработки, для упрощения работы системы. В музее проводятся с невероятным успехом городские мероприятия: Новогодние представления, Международные форумы, День города, Дни исторического наследия Москвы, Дни культурного наследия Москвы, также пользуется интересом и популярностью у детей игротека «Солнечная столица».
Основное здание находится с 1934 года в церкви Иоанна Богослова на Новой площади, а в 2006 было выделено новое помещение «Провиантские магазины», для открытия музейного комплекса XIX века.