В 1960 году были приняты попытки перестроить стоящий уже комплекс в музей, но появились сложности по строительству, и планы были задержаны на долгие годы. Спустя 24 года был образован музей декоративно-прикладного искусства СССР. Планировалось часть построек комплекса Царицино использовать под выставки. В 1980 году началась масштабная реконструкция зданий, входящих в территорию. В 1993 году музей получил свое сегодняшнее название, после чего был добавлен в памятники истории и культуры, входящие в федеральное значение города. Спустя много лет, только к 2005 году заповедник был передан во власть государству. Последние реставрационные работы были проведены с 2005-2007 года. Были восстановлены аллеи, расчищены заросли, кустарники, благоустроили дорожки.
Последним этапом стал ремонт Царицынского двора, где восстановили всю живопись, тем самым, превратив в современный выставочный комплекс. Сегодня по прежнему продолжаются работы по озеленению территории. В планах возвести снова грот, который построли в XIX веке, но в последствии подвергся разрушению. Музей-заповедник Царицыно является местом, где ежегодно проводится музыкальный концерт «Классика и джаз».