Музей был построен в 1918 году, но подвергался неоднократным ликвидациям и в последствии был закрыт. Что-то из коллекции была передано в музеи других университетов, а часть потеряна. В 1980 годах было принято решение возобновить работу по руководством Ершова В.В., который тщательно и следил за всем. Было приобретено много материалов для оформления, оборудование, геологические коллекции. В 1989 году состоялось открытие и к этому времени многие московские коллекционеры относили свои экземпляры в музей.
Экспозицией занимался Евсеев А.А., который предложил оригинальную идею размещения экземпляров. Коллекция собирается из разных стран: Туркмения, Таджикистан, Азербайджан, Украина, Казахстан, Грузия, а также и Антарктида. Здесь можно увидеть также процессы, получившиеся в результате выращивания минералов и горных материалов, составленные в компьютерном формате и смоделированные процессы, происходящие в лабораторных условиях, для получение нужного качества из сырья.
Сегодня можно посетить музей и попасть на одну из программ: выставки, посвященные новым поступлениям, известнейшим геологам, показываются работы, выполненные в живописной форме и в виде фотографий, произведения, выполненные по камню.