Впервые известно о Высоко — Петровком мужском православном монастыре стало из письменных источников 1377 года. Большая часть нынешних архитектурных композиций монастыря было создано в XVII -XVIII веке. В первых письменных упоминаниях о монастыре говорится о том, что основателем монастыря считается митрополит Киевский и всея Руси, Петр.
В начале XX века был закрыт большевиками, но храмы продолжали действовать. В это время образовалась подпольная монашеская община, одна из крупнейших в СССР. Во главе ее стоял епископ Варфоломей, пригласивший для служения в храмах часть братии Смоленско — Зосимовой пустыни, закрытой в начале XX века. Он являлся центром общины до 1929 года.
С 1992 года в настоятельном корпусе размещался Отдел религиозного образования и катехизации Московского Патриархата, получен монастырем статус Патриаршего подворья. Первым настоятелем был архимандрит Иоанн.
Полноценная деятельность монастыря началась с 2009 года. Восстановление монашеской жизни в монастыре началось по прошению Зарайского.
Самой главной святыней монастыря являются мощи святителя Петра, митрополита Киевского, Московского и всея Руси. Находятся они в Петровском соборе.