Основан Свято — Покровский монастырь был в 1635 при Михаиле Федоровиче Романове. Им была выделена земля на окраине Москвы под строительство. Это была часть кладбища, на которой хоронили бездомных. До начала строительства здесь была расположена Покровская приходская церковь. В комплекс монастыря входят следующие строения: храм Воскресения Словущего, храм Покрова Пресвятой Богородицы, колокольня, святой источник, некрополь и Подворье Покровского женского монастыря, украшением которого является храм Казанской иконы Божией матери, созданный в XVII веке.
Монастырь в 1812 году был разорен, после чего его несколько лет восстанавливали. В послереволюционное время колокольня монастыря была снесена, а другие строения были заняты различными трестами, конторами, банками, спортзалом и бильярдной.
В 1994 году Священным Синодом было принято решение о восстановление Покровского женского монастыря в качестве монашеской обители. Освещение монастыря провел Святейший Патриарх Алексий II . В 1998 году в Покровский монастырь были перенесены мощи святой Матроны Московской с Даниловского кладбища. Возрождение и освещение колокольни прошло в 2002 году.