Новоспасский ставропигиальный монастырь был образован при князе Иване III в 1462 году. Монастырь был разрушен во время нашествия Тохтамыша. Восстановление монастыря приходится на 1490 год. В это же время была отстроена церковь Преображения, кельи и трапезная. В XVII веке были возведены стены, в то же время был полностью разобран и переложен каменщиками во главе с зодчим Григорием Копылой собор Спаса Преображения. В конце XVII века была построена церковь Знамения Пресвятой Богородицы по проекту Баженова, начала возводиться новая пятиярусная колокольня по проекту Жеребцова. Но достроена она была только до 4-ех этажей, высота которых составила 71 метр.
Подвал собора Спаса Нерукотворного является главной усыпальницей монастыря. В ней хранятся останки членов семьи династии Романовых , их родственников из других княжеских фамилий. Также здесь похоронены другие известные исторические личности.
Монастырь был закрыт в 1918 году, помещение его стало концлагерем, а позже здесь расположился филиал Таганской тюрьмы. С 1972 года монастырь находится под государственной охраной и здесь проводятся реставрационные работы. С 1991 Новоспасский монастырь вернули Русской Православной церкви. В настоящее время при монастыре работает школа иконописи и воскресная школа, хор монастыря является одним из лучших на территории нашей страны.