В настоящее время монастырь имеет статус патриаршего подворья, ранее он считался мужским монастырем. Предполагается, что временем основания монастыря являются 1380 - е года.
Документально известно об обители стало с 1623 года. Строительство помещений из камня в монастыре началось с середины XVII века. В 1649 году — это церковь Успения Божией матери и церковь Николая Чудотворца и колокольня, в 1647 году — храм во имя преподобного Сергия Радонежского. Также монастырю в это время передается часовня, расположенная между Неглинскими воротами.
С момента, когда патриарх Андриан сделал из монастыря свою летнюю резиденцию, и начинается его расцвет. По его благословению была построена новая двухэтажная церковь Николая Святителя с приделами в честь Успения Богоматери и преподобного Сергия Радонежского на месте трех разобранных храмов.
Перервинская семинария в монастыре была открыта в 1775 году. Закрыт Николо — Перервинский монастырь был в 1917 году. Богослужения в Никольском монастыре были возобновлены в 1991 году.