В 1907 году Марфо — Мариинская обитель была основана Елизаветой Федоровной, Великой княгиней. Елизавета Федоровна отдалилась от светской жизни после гибели ее мужа, Сергея Александровича, все ее дни проводились в молитве.
То, как будет устроена будущая деятельность обители, увидено Великой княгиней было в в служении Марфы труженицы и Марии молитвенницы. Это были праведные сестры Лазаря, воскрешенного по преданиям Иисусом Христом.
На создание обители ушло два года. Помещение для будущей обители, усадьба на Большой Ордынке, было приобретено Елизаветой Федоровной на деньги от проданных ею собственных драгоценностей и личного имущества. В дальнейшем усадьба была переоборудована необходимым образом. Она представляет собой двухэтажное зданиес выходом на улицу была обустроена больница с операционными, перевязочными, палатами и ванной. Здесь же во имя праведных Марфы и Марии была освещена домовая церковь и этот первый храм назывался больничным. Строительство второго закончилось позже, в 1912 году. Храм стал украшением не только обители, но и стал украшением Москвы на долгие годы.
К больничному корпусу примыкал дом настоятельницы. Аптека и амбулатория расположились с другой стороны больницы. Над ними были расположены комнаты сестер.
Под Воскресную школу было отведено здание во дворе. В ней обучались как маленькие девочки, так и совсем взрослые женщины.
Духовником обители вплоть до своего ареста в 1924 году являлся протоиерий отец Митрофан Сребрянский. В 2000 году был канонизирован в лике святых исповедников и новомученников Российских.
Официальной датой открытия Марфо — Мариинской Обители милосердия — 10 февраля 1909 год.
На тот момент здесь жили всего 6 насельниц и к концу года их уже стало 30 и с каждым годом их становилось больше. Позже княгиней Елизаветой Федоровной был куплен новый участок, на котором расположился еще один корпус обители, имеющий три этажа.