История появления комплекса берет начало еще со времен Советского Союза. Создать межотраслевой научно-технический комплекс «Микрохирургии глаза» было решено 24 апреля 1986 года по постановлению правительства СССР и КПСС. На создание комплекса с двенадцатью филиалами в различных регионах России было запланировано три года. Для того чтобы уложиться в сроки и получить качественные помещения, выполнять строительные работы привлекли финскую фирму «Polar».
Все началось с того, что Святослав Федоров, вместе с коллегами разработал методы имплантации в глаз искусственного хрусталика, что позволяла снова полноценно видеть людям, страдающим катарактой. Благодаря разработанным методам малотравматичной хирургии стало возможным эффективное лечение также отслоения сетчатки и глаукомы. В клинику, которую открыл Федоров, приезжали люди не только со всех концов СССР, но также из Европы и даже Америки. Но поскольку одной клиники, с относительно небольшим количеством персонала было мало для всей территории России, было принято решение построить межотраслевой научно-технический комплекс, содержащий одиннадцать филиалов в крупных городах России и центральное здание в Москве.
Каждый филиал оснащался по последнему слову техники. На работу принимались только высококвалифицированные специалисты, заканчивавшие, в том числе и институт Федорова. Сейчас во всех комплексах работает более пяти тысяч специалистов. Современные технологии позволили сократить время сложных операций до 15-20 минут, а время восстановления после них всего до двух часов. Таким образом, проблема глазных заболеваний, считавшихся в России неизлечимыми, была решена, а производительность труда врачей данного направления выросла в 7 раз.
Уже 25 лет МНТК считается лучшим в оказании офтальмологических услуг благодаря использованию передовых технологий, также применению высокоточных хирургических микроскопов и миниатюрных инструментов при вмешательствах, что позволяет минимально травмировать структуру глаза.