Создан музей заповедник был в 1909 году. Изначально это был Кубанский естественно — географический и этнографический музей казачьего войска. История появления музея берет свое начало с 1879 года, когда был заложена основа фондового собрания Фелицыным Е. Д.. в честь него и был назван музей. Зданием музея является одно из красивейших произведений архитектуры в Краснодаре — памятник архитектуры XIX века, дом купцов Богарсуковых. Постоянная экспозиция театра связана с живописной природой края и с историей обитавших здесь народов. В 1977 году театром был получен статус Краснодарского историко — археологического музея — заповедника.
Сейчас у музея имеется 4 филиала: Таманский музейный комплекс, Анапский археологический музей, Тимашевский музей семьи Степановых и Темрюкский историко — археологический.
В Краснодарском краеведческом музее находится богатейшая этнографическая и археологическая коллекция. Сейчас Краснодарский историко — археологический музей — заповедник — это самое крупное музейное объединение Северо-Кавказского региона и один из объектов общероссийского значения.