После того, как западные околокавказские районы были присоединены к Российской империи, в 1793 году, казаки основали на землях, подаренных им за хорошую службу Екатериной Великой годом ранее, крепость. Назвали её Екатеринодаром. Именно с этого момента ведёт свой отчёт история города Краснодара. Крепость была построена на берегах реки Кубани и её притока Карасуна.
Через год после строительства крепости вокруг неё начал создаваться город, ставший административным центром черноморского российского казачества, а позже – главным городом кубанских казаков.
В 1797 году в Екатеринодаре произошло казачье восстание, которое было спровоцировано тем, что вернувшимся из персидского похода казакам отказались выдавать жалование и, более того, их имущество было ликвидировано в пользу начальства. Восстание было подавлено.
К 1820 году в Екатеринодаре было построено девять домов, семь с половиной десятков хат и полторы сотни землянок. Кроме военных-казаков в поселении жили землепашцы, сапожники, портные, ткачи, плотники и прочие ремесленники. В этом году проездом в Екатеринодаре был Александр Пушкин, а спустя семнадцать лет – Михаил Лермонтов. По той же дороге, Ставропольскому шляху, ехал в ссылку на Кавказ декабрист Бестужев-Марлинский. Несмотря на то, что состав населения постепенно становился разнообразным, Екатеринодар всё-таки больше напоминал военный центр (которым, по сути, он и являлся), чем обычный город. Большинство домов были построены из дерева, а иногда – даже из камыша или плетёным способом.
С началом революции Екатеринодар стал одним из основных центров сопротивления. В 1917-1920 годах Кубань стала местом ожесточённых боёв между советской властью и казачьей радой.
Большевистская власть была установлена в Екатеринодаре в конце 1920 года, тогда же город получил своё современное название – Краснодар.
В тридцатых годах двадцатого века в Краснодаре появился первый драматический театр, названный в честь Максима Горького, а затем – театр оперетты.
Во время Великой Отечественной войны Краснодар полгода – с августа 1942 года до февраля 1943 года – находился в немецкой оккупации, при этом подвергся значительным разрушениям. При восстановлении Краснодара в послевоенные годы была сохранена планировка центральной части города, созданная в девятнадцатом веке.