Войсковой собор Александра Невского был заложен в 1853 году на месте старого обветшавшего Воскресенского собора на Базарной площади Екатеринодара. На строительство были выделены войсковые средства — 100 тысяч рублей. Тем не менее этой суммы не хватило, потом его прервала Крымская войны, и строительство собора затянулось на 19 лет. Храм был открыт и освящен в 1872 году.
Собор был построен в византийском стиле, снаружи выбелен. В нем хранились ценные реликвии и регалии Кубанского казачьего войска, тут же проходили все торжественные церемонии казаков. Собор прославился своим певчим хором, который стал прообразом Кубанского казачьего хора.
В 20- годы прошлого века в собора сняли купола, разграбили, а в 1932 году по решению местных депутатов собор взорвали.
В 2003 году по инициативе губернатора Кубани произошла торжественная закладка нового собора — точной копии старого, на новом месте. Спустя два года после начал строительства освятили купола собора, а 28 мая 2006 года Митрополит калининградский и Смоленский освятил полностью восстановленный Александро-Невский собор.