В городе Щучинск нет собственного аэропорта, ближайший расположен в Кокшетау.
Самый первый аэропорт появившийся возле города Кокшетау был открыт для сельскохозяйственных нужд в 1947 году. После его открытия постепенно расширялся. В первую очередь это связано с бурным развитием региона и города в целом. Со временем увеличивался пассажиропоток, и данный аэровокзал уже перестал справляться с нагрузкой. Поэтому в 70-х годах было возведено новое здание аэровокзала и проведен ремонт взлетно-посадочных полос. В последующее время аэропорт отмечал рост количества пассажиров и рейсов. В основном с него вылетали самолеты региональных маршрутов.
В 1990-х годах началось его смутное время. Тогда в результате распада Советского союза он оказался на грани банкротства. Его дальнейшее будущие оказалось под угрозой. В таком состоянии аэропорт находился до 2010 года. Тогда в результате запланированной масштабной реконструкции он преобразился. Была заменена и расширена взлетно-посадочная полоса, установлено современное оборудование. В результате аэропорт может принимать воздушные суда всех классов, а также он получил статус международного.