В городе имеется собственный международный аэропорт, носящий название «Кокшетау». В прошлом использовался лишь для грузоперевозок, но после модернизации, проводимой с 2010 по 2013 года, получил возможность обеспечивать пассажирские перевозки. Международный статус присвоен в октябре 2013 года, на настоящий момент большая часть маршрутов осуществляется по территории СНГ. На реконструкцию было затрачено более 8 млрд казахских тенге. Вопреки ожиданиям, «Кокшетау» не пользуется большой популярностью у жителей Акмолинской области и всего Казахстана – в 2014 году было обслужено менее 15 тыс. человек.
Характеристики взлетно-посадочной полосы на аэропорте позволяют ему принимать воздушные суд всех классов. Однако ограниченная длина ВПП (2850 метров) допускает прием таких крупных самолетов, как Боинг 747 или Ил-76 лишь частично загруженными. В обновленном пассажирском терминале имеется два телескопических трапа и посадочная галерея. Их максимальная пропускная способность составляет до 200 человек ежечасно. Такой же она будет и у строящегося аэровокзала, введения которого в эксплуатацию ожидалось еще в 2012, но затягивается по финансовым причинам.