Эта кирха — одно из самых старинных в городе зданий. Построена она была в 1811-1819 годах. В XIX веке в Воронеже кирха Святой Марии являлась крупной религиозной общиной.
Постройка её связана с тем, что в начале XIX века в Воронеже было много немцев, которые хотели иметь свою собственную лютеранскую церковь. Сейчас кирха Святой Марии — единственная лютеранская церковь, сохранившаяся с того времени, а три века назад их было две, благодаря тому, что немцы в начале XVIII века приезжали в Воронеж строить флот.
Кирха долгое время процветала — даже в конце XIX века, когда немцев в городе становилось всё меньше из-за «обрусения» их потомков, она имела постоянный большой приход (или, по-немецки, «кирхшпиль»). Революция вмешалась в неторопливый ход религиозной жизни кирхи, и уже в 1920—1930-х годах кирха была закрыта, и в её здании разместили Горэлектросеть. Долго эта организация занимала дом, для неё не предназначенный, пока, наконец, кирху снова не передали лютеранской общине.
Сейчас на кирхе висит табличка, которая сообщает, что это приход Марии Магдалины, а само здание является архитектурным памятником XIX века.