Первый каменный храм Святого Спаса на месте нынешней Спасо-Преображенской церкви был построен в 1116 году. Через почти полвека здесь началось строительство двора князя Андрея Боголюбского, в связи с чем, внешний вид церкви был изменен, она стала белокаменной. В 1778 году в городе прошел большой пожар и старое здание храма полностью сгорело. На его фундаменте построили новую каменную церковь, которую можно увидеть и сейчас.
Храм регулярно подвергался реставрации. Его нынешний внешний вид можно отнести к XVIII столетию. Архитекторы во время строительства ориентировались на древние храмы, но привнесли в облик новой церкви часть барочных элементов, после чего сооружение стало легким и воздушным.