Монастырь был основан в 1200 году благодаря великой княгине Марии Шварновне, жене князя Всеволода Большое гнездо, отсюда и название монастыря. Постройка предназначалась для того, чтобы там находили последний приют княгини и княжны Владимирского княжеского дома. Когда-то этот монастырь процветал и был известен.
В него в 1230 году были перенесены мощи святого Авраамия Болгарского (а позднее там была захоронена В. П. Лазарева, сестра адмирала М. П. Лазарева, который открыл Антарктиду). В 1411 году татары разорили обитель, и долгое время она пустовала, пока в XVI веке не началось её возрождение, которому помогали цари, жаловавшие на монастырь средства. Монастырь знаменит тем, что в нем жила дочь Бориса Годунова, Ксения.
В XVIII монастырь снова пришёл в упадок, пока в XIX – начале XX веках там не размещается больница и школа для девочек из семей бедняков. После революции монастырь был закрыт, и его имущество мгновенно разграбили. Десять лет назад монастырь снова открылся.
В Успенском соборе при монастыре находится Боголюбивая икона Божией Матери XII века.