Предание гласит, что однажды князь Андрей Боголюбский вывез икону Божией матери из Киева-града, но там, где Нерль впадает в реку Клязьму, лошади остановились. Пришлось Андрею Боголюбскому остаться на ночь, и приснилась ему Богоматерь, которая показала место для строительства нового храма Рождества Богородицы.
В храме было множество ценных икон, да и сама церковь была богата украшена декором и золотом с каменьями. Монастырь основали позже преемники Андрея Боголюбского, как считают учёные. К храму Рождества Богородицы были пристроены княжеские палаты. Позже в монастыре появилась, по повелению Андрея Боголюбского, церковь святого Леонтия, а потом и церковь Андрея Первозванного. Половцы и монголо-татары не могли пройти мимо богатой обители — монастырь неоднократно разграблялся.
Сейчас Боголюбский монастырь отреставрирован. Раскопки на территории монастыря обнаружили много интересного — например, возможно, что существовала галерея, ведущая в церковь Покрова на Нерли. Сейчас монастырь является действующим.