Краеведческий музей в Выборге появился в 1960 году, 13 июля. Музей был сначала на проспекте Ленина, и в штате его числилось всего лишь 11 человек. Музейные фонды тогда насчитывали около 500 предметов, относящихся к истории города. Первая экспозиция, открытая 30 июля 1961 года, включала в себя выставки по современному Выборгу и Выборгу начала XX века.
В выставках были затронуты темы промышленности, сельского хозяйства, отношений СССР и Финляндии. Была и выставка, посвящённая историческим памятникам Выборга. Через три года, когда коллекции музея стали разрастаться, Министерство обороны выделило для размещения музея главный корпус Выборгского замка. Так у музея появилась возможность проводить на собственной территории археологические раскопки и начать реставрацию замка.
Сейчас в музее имеется 6 экспозиций, и он постоянно предоставляет помещения для временных выставок. Музей живёт активной творческой и фестивальной жизнью: в нём устраиваются праздничные мероприятия, музыкальные фестивали, представления, конференции и научные чтения. В залах музея можно ознакомиться с нумизматической коллекцией, с собранием икон XVIII-XX веков, увидеть выставки, посвящённые художественному литью, старым открыткам, гравюрам, керамике и т. д.