Троицкий мужской монастырь был построен после освобождения Смоленска от поляков во второй половине XVII века. До этого здесь находился базилианский монастырь. Новая обитель была названа в часть старого Троицкого монастыря на Кловке, который в 1633 году был взорван московскими войсками, во время осады Смоленска.
Каменный Троицкий собор был возведен в 1675 году, но в конце XVII века он сильно пострадал от урагана. В 1727 году был перестроен в стиле раннего барокко. Этот храм стал образцом для храмов Смоленска, построенных в этом стиле в XVIII веке. К южной стороне собора пристроена каменная усыпальница, в которой погребён митрополит Сильвестр Крайский.
В 1730-х годах была построена монастырская колокольня. В стиле позднего барокко в 1767 году была возведена церковь Зачатия Анны. Эта широкая церковь с необычными наличниками была больничным храмом монастыря.
В советское время монастырь был закрыт, в 30-е годы были изъяты все колокола. Во время Великой Отечественной войны постройки были сильно разрушены. В тех, которые уцелели, располагались государственные учреждения.
Сегодня в монастыре размещается администрация Смоленского государственного исторического и архитектурно-художественного музея-заповедника и музей «Смоленский лён».