Первый Богоявленский собор был отстроен в 1708 году и освящен в 1713 году. Это было деревянное здание на высоком каменном основании, где был устроен сводчатый проезд к архиерейскому двору. В Успенском соборе хранится икона «Авраамий и Меркурий», на которой можно увидеть первый Богоявленский храм. Он был крестообразным, двухъярусная глава была окружена четырьмя прирубами с главками. А вокруг основного здания были расположены двухъярусные галереи.
В период с 1781 по 1787 годы храм был перестроен. На месте деревянного возвели новый каменный собор выполненный в форме раннего классицизма. Основание тоже было изменено. Проезд теперь смотрел на запад по направлению Большой Благовещенской улицы. Руководил проектом строительства архитектор М.Н. Слепнев. Храм совсем небольшой и, к сожалению, теряется на фоне Успенского собора. Объем храма вытянут в длину и имеет одну главку на характерном для Смоленска восьмигранном барабане.
В 1812 году собор был осквернен и разграблен солдатами, но в следующие годы был восстановлен. В 30-е годы ХХ века храм был закрыт, но уже в 1941 году Богослужение было возобновлено. С начала 1990-х годов сельскохозяйственным отделом Епархиального управления осуществляются реставрационные работы. Сегодня в Богоявленском соборе совершается таинство Крещения.