Неаполь-Скифский представляет собой античный памятник, представляющий собой укреплённое поселение треугольной формы. Он обращён к северу и имеет с северо-востока естественную защиту - скалы.
По-гречески название «Неаполь» означает «новый город». Но возможно само слово вовсе не греческого происхождения, а имеет скифские корни. Историки и археологи считают, что это поселение просуществовало около шести веков и в последствии было разорено племенами готов. Много позже сюда переселилось небольшое поселение греков, но и они ушли из этих земель спустя какое-то время. В 16 веке, Крым был завоёван татарами. При строительстве своей знаменитой мечети, мусульмане брали камень для строительства именно отсюда и назвали это место Керменчик.
В 80-е года прошлого века был подготовлен проект экспозиционного павильона «Неаполь-Скифский», но осуществлён он не был. Рабочие только построили охранное сооружение, оставшееся заброшенным. Позднее на протяжении двух десятилетий здесь находили своё пристанище бездомные люди.
И только в 2011 году постановление Совета Министров № 195 положило начало строительство учреждения республиканского значения «Историко-археологический заповедник». В последнее время решается вопрос о том, будет ли создан центр экспериментальной археологии на базе комплекса «Неаполь-Скифский».
Заповедник открылся 25 июля 2011 года. В 2012 году заповедник археологии «Неаполь-Скифский» был зачислен в новый туристический маршрут «Сакральное Белгородье». Памятник античности отреставрировали, а вход в него сделали платным.