Аквариум-музей был открыт в Севастополе еще в царские времена — в 1897 году, став первым аквариумом с морскими животными. Это один из старейших публичных аквариумов в Европе. В настоящее время в музее открыты 5 залов. Первый зал содержит экспозицию с представителями коралловых рифов (рыбы, креветки, беспозвоночные). Второй зал состоит из двух самостоятельных секций: черноморской и тропической. Здесь закреплены 12 пристенных бассейнов объемом до семи кубических литров. В третьем зале — большая коллекция тропических рептилий — обитателей Индийского и Атлантического океанов. В четвертом обитают представители пресноводных и рептилий, а также здесь находится аквариум с оранжереей, имитирующий развалины древнего Камбоджийского храма. Пятый зал представлен жителями Мирового океана (черноплавничные акулы, скаты и угри, рыба-камень, рыба-фугу, мурены и другие опасные животные).
В аквариумах установлены пластиковые декорации из акрилового пластика, имитирующий ландшафт кораллового рифа. Материал этот безопасен для животных, нетоксичен и прочен.