Финляндская железная дорога была построена в 1862-1870 гг. Она принадлежала княжеству Финляндскому, и вплоть до 1917 году на ней работали только финны. В 1870 году по проекту П.Купинского построили первое здание вокзала севернее Симбирской улицы (ныне улица Комсомола). Товарная станция была у Невы, куда и подходили пути. К концу XIX века Финляндский железнодорожный узел охватил северную часть губернии. В городе проходило 10 переездов железной дороги, что создавало значительные трудности для жителей Выборгского района. В 1910 году была проведена реконструкция, что сделало пересечения двухуровневыми.
В 1917 году в страну вернулся В.И. Ленин. В 1957 году правительство Финляндии подарило Советскому Союзу паровоз №293, который доставил его в Россию. Он был установлен на вокзале как памятник тому времени и событиям, произошедшим в стране. Таких паровозов было выпущено всего 10-15 специально для финских железных дорог. Сейчас это единственно сохранившийся в мире.
Финляндский вокзал был единственным вокзалом города, который функционировал во время блокады Ленинграда. После прорыва в 1943 году первый поезд , доставивший продовольствие в город, встречали именно здесь. Во время войны здание было практически разрушено. В 1944 году началась реконструкция территории вокруг вокзала. В 1960 году появился новый вокзал, в 70-е годы был пристроен еще один корпус, потому что поток пассажиров был огромным — Финляндский вокзал был вторым по величине в СССР после Ярославского вокзала в Москве.
Финляндский вокзал с 2003 года принимает и отправляет поезда только на Хельсинги и поезда пригородных маршрутов. В связи с открытием Ладожского вокзала с Финляндского вокзала перестали ходить поезда дальнего следования.