Мысль об открытии музея появилась в 1877 году. В те года российские экспонаты были представлены на Международной гигиенической выставке в Брюсселе, где получили признание. Всероссийские выставки проходили в 1893 и 1913 годах. Коллекции с выставки 1913 года стали основной композиционной частью в музее. Музей гигиены открылся в 1919 году. Решение о создании приняли учёные-медики в 1918 году. Для музея было выделено здание, которое в XVIII веке принадлежало графу И.И. Шувалову. Большое количество гостей, заинтересованность со стороны посетителей в просвещении санитарии и проблем здоровья, послужило расширению выставки. В фонды музея добавились достижения научно-технического прогресса, которые были представлены схемами, различными электрифицированными макетами. В 1928-1938 годы музей находился на пике своего рассвета, он приобрёл известность и получил признательность со стороны Комиссариата здравоохранения РСФСР, а также международное признание. В конце 20 века в помещении прошли ремонтные работы, они создали новую обстановку, поспособствовали расширению иллюстративного материала.