Данный университет создавали в 1997 году в качестве научно-образовательного центра Физико-технического института имени А.Ф. Иоффе. Главной идеей создания была интеграция образования и науки в физике и информационных технологиях. Инициатором создания Академического университета был лично вице-президент Российской академии наук, академик Жорес Алферов, возглавивший это учебное заведение сразу после его создания.
Процесс учебы студентов осуществляют ведущие специалисты, работающие в этой отрасли долгое время и добившиеся конкретных практических результатов своей деятельности. Процесс постижения знаний происходит как в аудиториях, так и лабораторных условиях. Мировые тенденции подготовки специалистов по нанотехнологиям активно внедряются в Академическом университете РАН и из ВУЗа выпускаются ученые, которые способствуют выведению Российской Федерации на первые места в мировом научно-техническом прогрессе. Эту систему придумал известный ученый А.Ф. Иоффе.