Свое оригинально название эта набережная получила в самом конце 19 века. Это событие было связано с празднованием сотни лет со дня основания Военно-медицинской академии. Таким жестом решили почтить деятельность хирурга Пирогова, преданно работающего на благо учреждения.
На тот момент набережная была довольно скромной улицей, проходящей вдоль строения учебного заведения. В дальнейшем тут был основан Пироговский музей. Однако академия была разрушена во второй половине 20 века, поскольку на этом месте проходило строительство гостиницы «Ленинград».
С тех пор размеры набережной постоянно увеличивались, в нее включили еще несколько участков. В 1979 году название сменили на Выборгскую. Однако, спустя 10 лет, магистрали вернули былое название. Несмотря на это, некоторые дома по-прежнему сохраняют измененную нумерацию.
Сегодня власти города активно работают над улучшением состояния набережной. Реконструкция, в первую очередь, касается транспортной инфраструктуры. Главная цель – уменьшить количество пробок в городе. Для этого возводится тоннельный путепровод, который будет оснащен 3 подходами. Это архитектурное решение позволит в разы улучшить транспортную ситуацию в Санкт-Петербурге.