Первое упоминание об этой церкви относится к 1626-му году, в списке церквей на тот период она была представлена как строение попа Петра. В 1685-ом году Спасо-Преображенская церковь, которая была выполнена из дерева, полностью сгорела. В тот же год была построена новая, тоже деревянная церковь, которая к концу 17-го века от ветхости развалилась на части. В 1695-ом году местный помещик Иван Иванович Вердервский за свой счёт построил новый каменный храм под тем же названием. Поскольку храм был построен на самом краю обрыва над рекой Трубёж, он получил название «Спаса на Яру».
Церковь относится к посадской архитектуре старых городов. Пучки колонн по углам здания пятиглавой церкви придают ей особую стройность. «Изюминкой церкви» является невероятной красоты колокольня, которая представляет собой восьмигранный столп, крытый шатром.
В 1935-ом году церковь была закрыта, а её здание длительное время использовалось в качестве места для проведения занятий морской школы ДОСААФ. Реставрация храма началась лишь в 1995-ом году. На сегодняшний день церковь Спаса Преображения на Яру является одним из красивейших храмов Рязани.