Это одна из старейших церквей города и, по ошибочному мнению самих горожан, самая первая церковь в Ростове-на-Дону.
В 1762 году, когда упразднили крепость Святой Анны вблизи города Черкасска, было принято решение о переносе церкви в совсем недавно построенную крепость Димитрия Ростовского. Покровскую церковь разобрали, брёвна пронумеровали, после чего все части были перевезены в новое место. Новая святыня получила статус крепостной. Приход в то время практически полностью состоял из военнослужащих, как и священнослужители. В 1006 году церковь становится смешанной, то есть приход в ней перестаёт состоять исключительно из военных. А ещё через 12 лет на колокольню вешают большие часы.
Когда в 2003 году стали проводить археологические раскопки, стало понятно, что первое здание церкви было расположено в Кировском сквере.
Очень долгое время Церковь Покрова Пресвятой Богородицы была основной не только на территории крепости, но и окружавших её селений. В 1895 году из-за недосмотра церковь сгорела.
В 1897 году архитектор Н.М. Соколов проектирует новое каменное здание церкви. Оно построено в 1909 году и после освящения назван Ново-Пакровским. А вместе с тем сгоревшая деревянная церковь, точнее её останки продолжали существовать. Церковь восстановили лишь в 2007 году. Она получила название Старо-Покровской.