Соборная мечеть в Кургане начала строиться в 2000 году. Она находится в центральной части города возле реки двух государств - Тобол.
История ислама довольно непроста в этом регионе. Амрофзан Галеев в 1910 году открыл в своём доме первую мечеть в Кургане. Первый имам был назначен через 1912 году. Им стал Мухаммедназиб Хабибуллин.
Во время СССР данная мечеть, как и тысячи религиозных учреждений на территории всех республик, была упразднена. Сначала она была татаро-башкирской школой, а после и вовсе закрылась.
В начале века в Кургане образовалась мусульманская организация, которую возглавил Салават Сафаров. Но после закладки фундамента для новой мечети , после открытия которой она могла бы принять восемь сотен верующих, Сафаров погиб. После него организацию возглавил Рафаил Галиуллин.
Мечеть проектировали специалисты института «Кургангражданпроект», которые проводили ознакомительные работы с архитектурой мечетей в Тюменской области. Строительство велось исключительно на пожертвования городских мусульман. И в 2008 году на первом этаже мечети начали проводиться первые коллективные пятничные намазы.