Основан в 1548 году Феодоритом Кольским. Известен еще как Кокуев мужской монастырь. О монастыре можно найти упоминания в летописях 1563 года. Кандалакшский монастырь имел 12 келий и подсобные помещения (хлебная, дружинная, погреб, поварня, коровник и др.) Кроме того была своя мельница, несколько рыболовецких местечек, много лесов и покосов. Насчитывал он 28 старцев и монахов, 31 трудник из общего числа: 132 человека.
Жители промышляли лесом, рыбой, животными и птицами, а также солевареньем. Строили целые амбары для своих запасов. При монастыре трудилось много крестьян. Монастырь и его хозяйство росли очень быстро.
В 1589 году монастырь был разграблен и сожжен шведским войском, насчитывали 450 человеческих жертв. Через год монастырь восстановили выжившие люди. Но уже в 1598 году его опять ограбили шведы и финны. В 1615 году нападали поляки и литовцы. В 1658 году очередная шведская попытка напасть была рассеяна, шведы бежали.
С тех пор прежнего процветания монастырь уже не видел. Была широко развернута продажа соли. В скором времени появляется более дешевая соль и монахи лишаются дохода. Значение монастыря упало, когда появился рядом Соловецкий монастырь. Так, в 1742 году монастырь упразднен и закрыт, две его церкви стали приходские.
Сейчас на месте монастыря стоит поклонный крест.