Железнодорожный вокзал города Йошкар-Ола принадлежит Горьковской железной дороге и обслуживает поезда, движущиеся в направлении таких городов, как Москва, Казань, Яранск, Волжск.
Первое здание вокзала было деревянным и находилось за чертой города, на расстоянии около километра. В 1955 году было возведено новое здание, к которому в 1980-х годах пристроили правое крыло. В 2005 году здание железнодорожного вокзала было полностью реконструировано. Это преобразило внутреннюю красоту здания, но сохранило первоначальный облик. Сейчас по линии «Йошкар-Ола — Москва» проходит фирменный поезд «Марий Эл». Прямое сообщение между этими городами существует с 1928 года.
В здании железнодорожного вокзала всего несколько помещений. Сегодня здесь расположены билетные кассы, зал ожидания, камеры хранения. Сервисный центр железнодорожного вокзала предоставляет информационно-справочные услуги, продажа билетов, факс. За безопасностью следят с помощью видеокамер, установленных в здании вокзала и прилегающих территорий. Все материалы поступают в опорный пункт полиции, начальнику вокзала и дежурному по вокзалу.