В 1737 году, церковь Пресвятой Троицы открыла свои двери для прихожан. Основоположниками строительства храма стали купец С. Вишняков и крестьянин А. Осокин. Местом для возведения храма стал берег реки Кокшаги. По своей архитектуре, церковь сильно отличается от остальных, которые построены на территории современной Йошкар-Олы. Внутри находилось два храма — во имя Святой Троицы и храм Святителя Николая Чудотворца. Здание храма дополняла самая высокая во всем городе четырехъярусная колокольня. В девятнадцатом веке в храме находилась великая святыня для всего православного народа, образ Святителя. В настоящее время, эта реликвия находится в храме Рождества Богородицы.
В 1932 году храм закрыли и частично разрушили. Долгие годы это восхитительной красоты здание, находилось в хозяйстве у автомастерской, пока наконец, в 1995 году здание вновь не было передано епархии и по 2008 год продолжалась его реконструкция.