Монастырь был основан в 1689 году на берегу Ангары. Все постройки на тот момент были деревянными и к сожалению срубленная в 1693 году Знаменская крепость пришла в упадок. После в 1762 году было возведено новое здание из камня, объекты которого достраивались на протяжении нескольких лет. Трагичные событие также есть в истории монастыря. В 1920 году в феврале были расстреляны председатель совета Пепеляев Виктор и Верховный правитель Колчак Александр. После прихода новой власти, в распоряжение епархии оставляют только здание церкви, а сам монастырь закрывают.
В 1960 году 30 августа комплекс Знаменского монастыря был переведен в памятники федерального значения и поставлен на охрану государством. В церкви находятся мощи Кульчицкого Иннокентия, а в 1994 году был возрожден монашеский постриг. Сегодня на территории церкви расположено управление Иркутской митрополии. На территории монастыря был расположен гидроаэропорт, из-за чего были потеряны могилы декабристов Бесчаснова Владимира и Муханова Петра, сильно пострадали надгробные памятники Панова Николая и Шелихова Григория.