Арбитражный суд Республики Алтай ведет свою историю с 1950 года, когда исполнительный комитет Совета депутатов принял решение об его формировании. Однако, суд начала вести свою деятельность только в 1991 году. Архивариусы Алтайской республики расходятся во мнениях, по какой причине так долго не была выделена единица государственного арбитража.
Как бы то ни было, в 1991 году был назначен первый арбитр А.В. Щукин и только за первый год им было принято и рассмотрено свыше сорока дел разной направленности. Это стало лишним подтверждением того, что республика нуждается в этом виде суда.
На протяжении всей своей деятельности, которая уже насчитывает историю сроком более 15 лет, Арбитражный суд Республики Алтай разобрал несчитанное количество дел, разных уровней сложности. В течение этого времени, два раза менялся Арбитражный процессуальный кодекс.
Значимость данного суда для алтайской республики Алтай неоценима. Арбитражный суд уполномочен заниматься такими делами, как: оспаривание прав и интересов лиц, решение конфликтов между двумя и более сторонами, отстаивание интересов частных и юридических лиц.
На данный момент в арбитражной коллегии Республики Алтай состоят более 50 человек, 26 из которых - судьи высшей категории.