Часовня Филиппа Ирапского была возведена в 1874 году при подворье Красноборского Свято-Троицкого Филиппова монастыря в городе Череповец. В 20-е годы ХХ века шатер над часовней был уничтожен, крыльцо сломано вместе с наружными декоративными элементами, новые окна были пробиты. Долгое время она пустовала. Потом ее разделили на два этажа и с 1967 года использовали как здание городского военкомата. В 1996 году в здании часовни произошел пожар, после чего часовню решили восстановить.
Строительство осуществлялось в 1998 — 2000 годах. В процессе участвовали строители, мастера иконописной школы Троице-Сергиевой лавры, художники-реставраторы и резчики из Вологды.
Благодаря усилиям этих людей часовня приобрела свой современный вид. С 2000 года здесь хранятся мощи преподобного Филиппа Ирапского, молебен которому служится ежедневно. На стенах и сводах часовни имеется фресковая роспись в стиле византийской живописи XII века, на которой изображены преподобный Сергий Радонежский и вологодские святые.