Отправной точкой формирования музея стала археологическая коллекция одного из основателей Череповецкого музея Е.В. Барсова в 1870-е годы. Так и была определена тематика и дальнейшая работа нового музея.
С каждым годом в городе растет интерес к археологии. На базе археологических экспедиций уже длительное время работают трудовые школьные лагеря, где ученики средних школ Череповца начинают свою исследовательскую деятельность. Последние несколько лет студенты исторического факультета Череповецкого государственного университета проходят археологическую практику. Череповецкие археологи постоянно участвуют в научных конференциях, среди которых есть конференция «Традиции в контексте русской культуры», сотрудничают с ведущими археологическими центрами страны. Благодаря этому и другим достижениям сотрудников музея, Череповец стал одним из самых известных археологических центров России.
Экскурсии музея знакомят посетителей с историей археологического изучения района, с археологическими памятниками, уникальными находками, которые были переданы музею археологами. Экскурсоводы расскажут на кого, как и чем охотились предки, а также познакомят с историей самых разнообразных ремесел и их секретами.