В городе Балыкчы нет собственного аэропорта, ближайший расположен в Тамчи. Международный аэропорт Иссык-Куль расположился в восточной части Киргизстана, к северу от озера Иссык-Куль. В честь этого достояния страны он и был назван. В настоящий момент аэропорт принимает международные рейсы, следующие из Казахстана, Таджикистана, Китая, России и Узбекистана. Это современно оснащенный аэропорт, обладающий взлетно-посадочной полосой, достигающей в длину до двух с половиной тысяч километров. История появления данного аэропорта начинается в 1975 году, когда была заложена искусственная взлетно-посадочная полоса. После того в течение десяти лет построили здание аэровокзала, перрон и другие нужные постройки. Аэропорт был полностью оснащен всеми постройками к 1990-м годам. Однако с наступившей разрухой в 1992 году дальнейшее развитие аэропорта было прекращено. В 2010 году у правительства Киргизии возник план о реконструкции аэропорта и последующей его эксплуатации. Все работы были проведены и в 2015 году он получил сертификат от авиационной комиссии.