Международный аэропорт в Караколе был основан в 1968 году. На момент начала своего существования аэропорт обладал только грунтовой взлетно-посадочной полосой. И только через десять лет был наконец-то оборудован полноценной асфальтированной полосой. В то время через терминал аэропорта каждый день проходило более четырехсот пятидесяти человек. Аэропорт принимал самолеты со всех концов обширной территории Советского Союза.
Кроме того, он принимал большое количество грузовых рейсов, а также с его взлетно-посадочной полосы взлетали самолеты обрабатывающие поля химикатами. Но с наступлением 1990-х годов, когда произошел развал страны и образовалась Киргизия, аэропорт пришел в упадочное состояние и многие воздушные маршруты были прерваны.
Однако при этом продолжал функционировать и принимать регулярные рейсы до 2002 года. Он оставался в таком состоянии до 2010 года, когда на взлетно-посадочной полосе были проведены работы по ее восстановлению.
После чего ему был присвоен статус международного аэропорта. На сегодняшний день он принимает рейсы из Китая, Таджикистана, Казахстана и Индии.