Первый научный и культурно-просветительный музей в Якутске был открыт в 1891 году. Музей задумывался для сохранения памятных реликвий, которые связаны с историей края. Музей, его фонды и залы создавались при помощи жителей Якутска и близлежащих поселений. Также, незаменимый вклад в развитие музея внесли политические деятели, которые были отправлены сюда в ссылку. Музей постоянно развивался и уже к 1911 году было принято решение о расширении здания, а именно о пристройке второго этажа.
Здание получилось двухэтажным. На первом этаже располагался сам музей, а на втором — крупная библиотека. После этого, на помощь опять пришли политссыльные, которые упорядочили фонды музея и экспозиционные залы. Уже к 1917 году в фондах музея хранилось более 19 тысяч памятных экспонатов. В 30-е годы прошлого столетия были организованы специальные экспозиционные группы, которые исследовали родные края для пополнения фондов музея. В это время были найдены уникальные материалы, которые позволили по-другому взглянуть на жизнь якутов. Несколько позже начался процесс политизации музея и правительство издало указ об обязательном создании трех экспозиционных залов — природы, истории и соц.строительства.
Музей не прекращал свою работу ни на день и даже во время Великой Отечественной войны организовывал выставки, которые должны были мотивировать и поднимать дух народа. В послевоенные годы музей начал вести свою прямую деятельность, началось создание крупных филиалов на территории всей Республики.