Сам Институт Мерзлотоведения был открыт в 1941 году, по инициативе научного деятеля Москвы. Но, изначально институт создавался как небольшая мерзлотная станция, которая позже была преобразована в Северо-Восточный филиал московского института. В 1961 году на базе сформированного филиала был создан Институт мерзлотоведения, который стал принадлежать Сибирской Академии Наук. Институт был несколько расширен, поскольку в его состав вошли три известные крупные мерзлотные станции — Игарская, Анадырская и Алданская. На сегодняшний день в Якутский Институт Мерзлотоведения входят восемь научных подразделений и пять региональных научных центров. Все эти филиалы и сам институт занимаются изучением криолитозону Республики и всей планеты. Экспедиционный состав института часто выезжает за пределы города с различными осмотрами местности. Сегодня в Институте Мерзлотоведения и в самой его подземной лаборатории трудятся около 200 человек. Помимо научных исследований, институт занимается государственными целевыми программами, то есть разрабатывает в своих лабораториях различные исходы после принятия того или иного решения. Институт Мерзлотоведения обладает довольно обширной научной базой, в которую входит самая известная подземная лаборатория. Данная лаборатория особа интересна жителям и гостям города, поэтому здесь зачастую организуются экскурсии.