История железнодорожного вокзала в Подольске берет свое начало еще в девятнадцатом веке, а именно в 1865 году. Тогда к городу из Москвы была проложена железнодорожная ветка, вместе с чем и было построена здание вокзала. Оно представляло собой простое одноэтажное здание, выполненное из дерева. После прокладки этой линии, в городе началось бурное развитие торговли, производства и населения.
Вследствие чего со временем здание вокзала перестало справляться с нарастающими нагрузками и было принято решение о возведении нового, каменного строения. Что и было сделано в 1889 году, под чутким руководством инженера архитектора Скорнякового Е.Я.
На нынешний момент данная железнодорожная ветка в качестве пассажирских перевозок используется не очень часто. Так как основной веткой, ведущей из столицы, считается идущая на Крым. Местные жители предпочитают добираться в столицу на электричках, минуя таким образом ужасные автомобильные пробки.