Филиалом Вологодского государственного музея — заповедника является музей «Вологодская ссылка». В экспозиции музея рассказывается о том, что Вологда являлся одним из городов политических ссылок в дореволюционной России.
Местом расположения музея является двухэтажный деревянный дом. Это дом имеет довольно богатую историю: декабрь 1911 — февраль 1921 — в доме проживает будучи сосланным в Вологду Сталин И. В; 1937 — музей посвященный деятельности и жизни И. В. Сталина; 1956 — Дом — музей, связанный с революционной деятельностью большевиков в вологодской области, а затем и вовсе был закрыт.
С 2007 года в здании действует музей «Вологодская ссылка». Экспозиция в музее посвящена теме политических ссылок первой половины XIX – начала XX века, экспонатами являются множество документов, рассказывающих о деятельности в дореволюционное время органов политического сыска.
Одной из самых интересных и разнообразных по материалу экспозиций является экспозиция, посвященная истории самих сосланных.
Центральную часть музея занимает комната Иосифа Джугашвили, занимаемая им во время ссылки. В комнате отображен быт ссыльных XX века а основной экспонат представляет собой восковую фигуру молодого Сталина.